后面到了康熙二十年又是废卫改县的重要时期，如二十六(1687)年裁毕节、赤水二卫置毕节县，裁永宁卫置永宁县，乌撒卫亦裁，全部并入威宁府。
此后的雍正五年(1727)改永宁县隶四川，七年(1729)改大定州为府，以威宁府为州，属大定，十一年(1733)设大定通判驻水城，设水城厅，乾隆元年(1736)割四川叙永厅之岩上、岩下地益黔西州，编为平定里，四十一年(1776)，割平远州之崇信、时丰、岁稔三里属水城通判，于是大定府领厅一、州三、县一。终清之世，不再有变。
与此同时，驻兵数量也在不断削减。康熙二十三年(1684)平远、黔西改镇为协，各裁兵一千多名，第二年威宁镇裁兵七百多名。
雍正三年(1725)，大定改镇为协，兵员逐渐减至1，200名，一镇三协遂成定制。
而流官制建立后，清廷接着将则溪制下的自然寨改造为里甲。
与明代贵州行省建立之初，为弹压土司而设府、每府只有两三里、每里只有寥寥几户的状况不同，清廷在黔西北地区的府州制、里甲制已不再徒有象征意义，如平远州共有向化、怀忠、兴文、慕恩、太平、敦仁、崇信、时丰、岁稔九里，威宁州则编户十里，即全化、遵化、德化、性化、宣化、归化、顺化、致化、广化、大化。
里甲的名称显示出清王朝对“新疆”教化的期望。
这些里甲涵盖了黔西北数目众多的自然寨，但原有的聚居状况得到了新制度的尊重，里甲正是在则溪制与自然寨的基础上建立的。
每个则溪编二里、三里不等，如大定府将原来的四个则溪各编二里，共透露出来的另一重要信息是，与流官府、州的设置相似，大定府的里甲与原来的则溪制度亦有着密切的渊源关系。
户丁没有成为划分里甲的依据，这或许与明清时期整个赋役制度的变革有关，但与当时“夷多汉少”的情况似亦不无联系，改流之初为官平远的黄元治称:
(平远)城中皆兵，惟东西二门外，流氓落落十数家。
至群苗，则居溪洞、笼箐中，如鸟兽之巢穴，不可以近人。
但“不可以近人”并不意味着清廷不清查原住民，事实上，清初原住民拥有黔西北的绝大部分田地，“因田制里”同样离不开对他们的调查，因此，原住民的户数官府是有记载的，作为对新入“版图”之民的绥抚，官府编户而不审丁——这意味着丁差的豁免。
也正是因此，标志着土目权威所受到的挑战。
首先是土目身份的变更。
众所周知，“土目”是一个在文献中频频出现的词语，具有多种含义，有时甚至等同于土司。
据李世愉先生考证，史籍对土目的解释大致有三种，1、土人之头目;2、隶属于土司的佐治之官;3、土司职官体系中的一个等级，无职衔，无品级。
所以我们下文结合彝、汉文献与田野调查所得，对此问题作一稍微详细的探讨。
彝语中未见有“土目”一词。改流前，黔西北地区的政治权力往往与家族的权力交织在一起，君长通常会分封其亲属作为慕濯、奕续、峨等。
如前文所述，慕濯、奕续既是具体的官职，又泛称所有的受封者。
“峨”亦是如此，乌撒土目安光祖所译彝书称:
君长曰蔺，称为苴慕，犹可汗、标信之称。大部曰慕濯，次曰祃裔，次曰奕续，通称为峨。
苴慕立，分其诸弟为峨，授以土地，分以重器，而以黑、白夷各数族分之。
“峨”即，直译为“官家”。后来意译为“土目”，这显然是受了土司制度的影响。
如光绪《黔西州续志》称:“峨，译言贵胄，今为小土目。”黔西北的老人们告诉我，1949年前依然是土目与官家并用，根据辈份，对土目及其亲属的称呼有一定变化，如“官爷”、“官奶”、“官叔”、“官小姐”等。
土目的孩子尽管只有两三岁，也必须对他表示尊重，称其为“官少爷”。
像是有学者在乡村作调查时，常常听人谈起水西有四十化相对落后，1954年后成为黔西北地区唯一的民族自治县，由此推测，清代威宁州的原住民在人口中似应占有更高的比例。
复杂的族类构成无疑使官员们头疼，在他们眼中，原住民所居之地“如鸟兽之巢穴，不可以近人”。
历史与文化的隔膜，使得对黔西北的施政较内地犹难。
朝廷未能迅速培植起一个忠于自己的基层力量(如绅士阶层)协助官府治理原住民，因此在很大程度上只有借助既有的势力集团——土目。
这样，虽然在制度与法律上土目不被承认，但官府在事实上默许了他们对基层社会的控制。曾亲履黔西北的赵翼云:
贵州之水西倮人更甚，本朝初年已改流矣，而其四十八支子孙为头目如故。
凡有征徭，必使头目签派，辄顷刻集事。流官号令，不如头目之传呼也。
倮人见头目，答语必跪，进食必跪，甚至捧盥水亦跪。
头目或有事，但杀一鸡，沥血于酒，使各饮之，则生死惟命。余在贵西，尝讯安氏头目争田事。
左证皆其所属倮人，群奉头目所约，虽加以三木，无改语。至刑讯头目已吐实，诸倮犹目相视不敢言，转令头目谕之，乃定谳。
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