对于自己的身世，朱慈炤一直守口如瓶，但他按朱家传统，为儿子取名时以“和”字排辈，最后一字都为带有土部的怪字。这些举动逐渐为人们所注意，有一天，一个名叫念一的和尚深夜拜访他，他无意中吐露了真情，不久之后念一和尚起兵反清，并且打出了他名号。如此他身份就暴露了。
满清将他家都捉拿下狱。
抓捕之夜，他家中妻妾和女儿都自缢而死，男子都被抓获。
朱慈炤承认自己皇明四皇子的身份，但否认造反。
可惜身份就是最大的罪过。
最终，朱慈炤被凌迟处死，家中男子则是斩立决。
崇祯子孙至此死绝。
从十一岁到七十五岁，朱慈炤躲过了一次次的危机，一生谨慎，但最终还是没有逃过那一刀。
朱慈炤的经历，足可以写一厚厚地书。
“臣弟见过太子殿下。”永王朱慈炤话还带着一点奶声奶气，不过表情动作却很大气，已然有皇子的威仪。这一点比定王朱慈炯强，朱慈炯太腼腆，感觉就像是一个女生。
历史上，朱慈炤是崇祯十五年的六月才被册封为永王，所以现在他还不是永王，只是一个皇子。
朱慈烺点头笑，心这个弟弟可是比我经历的苦难多了。
除了永王，永王身后的那个年轻官吏也引起了朱慈烺的注意。
面目清秀，神情淡然，眼神坚定。
“臣翰林院检讨以智见过殿下。”年轻官员深深一鞠。
翰林院检讨、皇子定王和永王的讲官，同时也是明末四大公子之一的以智！
朱慈烺心中一跳。
四公子中，以智的名气远不如其他三人，尤其侯域和冒襄更是因为与秦淮八艳中的李香君董宛的香艳故事，而名闻天下。
但如果到真才实，到忠诚，以智远远胜过其他三人。
清史记载，顺治十一年，以智的老乡兼好友钱澄之去看望以智，途中借宿一间寺庙，遇到一位僧人，原来是服侍崇祯帝的内廷太监，两人聊得投机，前太监听钱澄之与以智相熟，于是发了一番感慨。
清史稿以智传记载道：“昔侍先皇，一日朝罢，上忽叹曰求忠臣必于孝子某跪请故，上曰有一讲官之父巡抚河南指的应该是河南巡抚李仙风，坐失机问大罪。然饰容举止如常。不孝若此，能为忠乎闻新进士以智，父进大狱，日号泣，持疏求救，此亦人子也。
这段话的意思是崇祯帝拿一个讲官为皇帝经筵进讲的官员与以智来对比，这个讲官的父亲在河南做巡抚，因罪问斩，那个讲官居然无动于衷，照样薰衣，服饰、神情、举止如同平常。崇祯帝感叹“不孝若此，能为忠乎”相比之下，以智为救父亲，日日持血书哭泣申诉，“这同样也是做人的儿子啊”崇祯帝因此得出一个结论忠臣，一定要从孝子中来找。
以智听这段转述时，距离崇祯帝在煤山自缢已有整整1年了，明朝早已覆亡，新朝已是顺治十一年。清史稿以智传中写道，听完此言之后，以智匍匐在地，痛哭失声。
他一定是想到了崇祯帝的音容笑貌，想到了天崩地裂、衣冠沦丧的国仇家恨。
甲申之变，李自成攻破北京城，崇祯自尽，以智在崇祯灵前痛哭，不愿离去，被抓住，并严刑拷打，“加刑毒，两髁骨见，不屈”，不久李自成兵败山海关，以智趁乱逃往南，但却被南明朝廷排挤，四处流浪，饥寒交迫，但始终不肯投降清朝。165年，他在广西平乐被吴三桂的手下马蛟麟抓住，史载“其帅欲降之，左置官服，右白刃，惟所择”，以智毫不犹豫的走向了右边，表示自己绝不投降。
这么忠诚刚烈之人，连敌人都佩服，以智被释放，当了和尚。
公元1671年，清康熙十年，以智再次被捕，从江西押往广时，途经江西万安惶恐滩头，因疽发卒于舟中。但更令人信服的法是，以智行至惶恐滩头，想起前朝天祥事迹，自沉于惶恐滩以殉国。
还有一种法，以智是反清复明组织“天地会”的创始人，这也是他康熙十年被捕的原因。
以智忠诚如斯，在着述面更是有惊人的成就，其传世者以通雅五十二卷、物理识十二卷、药地炮庄九卷为最有名。其中物理识辑录了各种科的大量知识，涉及光、电、磁、声、力诸多面，与西科家的发现发明大体都在同一时间，有的甚至还提前了半个世纪。
四库书总目称物理识“考证奥博，明代罕与伦比”。物理识传入日后，日者评价为“牛顿之前、中国可以自豪”的关于自然科的百科书着作。
以智撰有多种医着作，通过传教士的交往，还了解了西医之解剖，并撰介绍给国人。
愤而离开南明朝廷后，浪迹天涯，一度以卖药为生如果以智不再继续反清，晚年潜心着述，不过问政治，不冒着危险组织天地会，像黄宗羲他们那样专心着述，那么“明末清初三大思想家”，也许就会变成“四大思想家”了。
忠孝双，矢志不渝，以智可称是明末的完人。
其父孔炤，官至三品，通医、地理、军事，并且较早地接触西，主张研习经世致用的知识，任湖广总督时，在剿匪中八战八捷，立下赫赫战功，张献忠诈降时，他竭力反对，8次上书，力陈招抚策略的错误，上司均未采纳，崇祯十二年，张献忠反叛时，杨嗣昌反借此劾孔炤，以贻误军机之名，逮捕下狱，后经以智以血书诉冤，才得以从轻处理，遣戍绍兴。
家父子都是忠臣，能臣，可惜都没有被重用。
朱慈烺脑子里瞬间想到了很多，有点走神，竟然忘记让以智平身了。
以智一直保持不动。