末日来了，不打招呼。人类面对这种突如其来的情况，并没有任何的预案，就算是神经元也没意识到末日会是以寒冬的形式降临。凛冬将至，万物皆亡，甚至连都要被冻结了，寒冷真的是万物的大敌。
情况很是糟糕，不过当神经元的人来到学校之后，却发现学校并没有多少问题，有足够的食物，也有能源保持温度。一群大人都被寒冷打败了，但几个孩子却能继续用科技获得资源，真的是不可思议。
果然还是因为杜兰么？大家心里想着。
当大人到来，少年们显然不是很欢迎。因为在他们看来是大人们背叛了世界，才导致了末日。大人们则是认为正因杜兰带着学生捣乱才导致了变化，特别是第一次冲击光线这种不应该存在的力量才是最大的错误，导致了世界不可逆转的坍塌。
虽然没有证据，但作为人他们本能地把责任推给对方，而不是承认世界毁灭与自己的行为有关系。反正就算承认，也要说雪崩之下没有一片雪花是无辜的，自己有错别人更有错，反正不是自己一个人的错，要错大家一起错。
所以双方僵持不下，都不为末日负责。
碇源堂站在所有人的面前，看着杜兰说道：“一切都如你所愿。”
“瞧你这话说的，之前在我的教导下，驾驶员接连打败了使徒，你们可不是这幅嘴脸。怎么现在世界不断降温，眼看没希望了，你们就觉得是我和驾驶员的错了？还真是放下碗就骂娘，卸磨杀驴，过河拆桥，你们的良心不会痛么？”杜兰表示大家看看，神经元果然是要出卖驾驶员了，果然是要让驾驶员背锅了。
碇真嗣也很失望，没想到自己的父亲如此没有担当。其实碇真嗣比父亲强多了，毕竟碇真嗣赶鸭子上架拯救了世界，而他的父亲碇源堂只知道为了爱人而算计世界，只是为了自己。
“如果不是你的加入，一切都会很顺利。”碇源堂现在也是无能狂怒，毕竟自己的计划完蛋了，他再也不可能见到爱人了，必须把这股无明火发泄出去，杜兰就是最好的目标。
一旁的渚薰知道杜兰确实是个意外，之前的轮回并没有见过杜兰，不过在此见到碇真嗣还是很高兴的。渚薰本来也是为了争夺融合的主导权，但被碇真嗣的真诚感动，后来就一直在帮碇真嗣。虽然总是帮一半就被杀死了，不过死亡也是帮助，至少给碇真嗣减少了一个竞争对手。所以死也是一种帮助，渚薰如果不早点死，最后就是他和碇真嗣进行竞争了，两个好基友肯定会很伤心难过。
不过渚薰的死每次都对碇真嗣造成了巨大的打击，因为渚薰是碇真嗣失去各种朋友之后的支柱。是绫波丽牺牲，明日香被污染，铃原东治受伤等等事件之后的支柱。这感觉就好像碇真嗣是天煞孤星一样，每次他交了朋友，建立了友谊，最后却会被剥夺。后来和渚薰交好的后果更严重，导致自己必须亲手杀死渚薰，或者是亲眼看着渚薰死，反正就没有一个人能陪伴他到最后。
剧场版里不同的就是多了一个真希波陪伴碇真嗣到了最后，所以碇真嗣最后选择了美好的重启，一个没有使徒，没有的新世界。
真希波看起来是少女，但内心却是阿姨。哪个少年人能阻止温柔可爱又会关心人、同时成熟稳重的真希波呢？反正碇真嗣不能，当然不一定是和真希波成为爱人，也可能是单纯地把她当做姐姐、母亲、朋友、老师、家人，甚至是自己成长的目标。
整个作品看下来，除了加持良治之外，也就真希波的人格算是健全。
简单来说其实补完计划就是心和体的同步，就是健全的人格。神经元的这群大人，有名有姓的几个都不正常。碇源堂就不用说了，妻子是真爱，儿子是意外，没有一个父亲的人格。葛城美里看似稳重，其实极度恋父。赤木律子和上司有不正当关系，而且和母亲喜欢同一个人。还有几个员工，有暗恋上司的，有喜欢同性的，反正都很难说健全人格。
心和体根本就是脱节的，就好像驾驶的少年，光有强大的身体和技能，内心却软弱和残缺。
其实也很正常，因为他们一直以来接受的是成为你自己的教育方式，整个s的运作可以说是认识你的本质，并让他来决定你，既然本质就是人也是使徒，那么人就应该和使徒一样追求融合。
认识自己，却不改造自己，只是放任自己的缺点，甚至是让缺点来决定自己的行为动机。所以这种思想本身就不是为了建造健全的人格而存在的，看中的是个人能力的展现，至于人格是无所谓的，不在考虑范围之内，而且这个过程中其他人的加入也并不重要。就是这样运作的。
但个人的展现需要他人的加入，碇真嗣之所以觉得很苦恼，其实就是因为他并不想认识自己的本质，他想要通过人际关系来进行思维，简单来说就是他孤单寂寞冷，渴望朋友，试图通过人际关系来建设属于他自己的人格。
整个神经元系统中，看似少年是最自闭的一个，其实他的自闭完全是因为周围人的自闭才会特别明显。在学校里，少年也挺正常的，就是有点害羞和内向。
到底是认识你的本质，并让他来决定你还是人作为其他人中的一员去追求丰富、完美的精神生活。
前者并不需要改变自己，而是只要通过自己的学问去工作就行了。而后者则需要花费更多时间和精力去做到学、思、知、信，触类旁通，不仅仅专业知识强大就行，还要通晓人情世故。
学，是继承和掌握。思，是反思和创新。知，是分析和预测。信，是能力和承诺。通过一系列的学习和实践，最后才能建立健全的人格，不但业务能力强大，而且还能成为一个可以被依靠的大人，才算是真正的人格健全。
真希波，加持良治都是。其他人就不是了，少年在杜兰的教育下也正在朝完整人格的方向进步。一旦有了完整的人格，他们就不会觉得人和人隔离了，他们会熟练地处理人际关系，不会再觉得和人交流是一件坏事了。
知之不如好之，好之不如乐之。知道一个道理，不如爱好一个道理，爱好一个道理不如从这个道理的实践中获得快乐。杜兰表示神经元的这些大人差远了，也需要教育。