也许是上天庇佑，恰如后花山天皇所料，经过后续治疗，病情竟稍有好转。于是他于开源十年1632年正月，命秀保为摄政，适时寻觅宗室过继为嗣。
这是自藤原良房贞观八年866年正式称摄政后，时隔近八百年再一次由皇室宗亲担任摄政，名义上与担任关白的丰臣秀赖一并主持朝局，排挤以摄关家为首的公卿，公卿仅存的权力和地位也受到挤压。
自摄关家以下，包括清华家、大臣家、羽林家、名家、半家，由以上各家组成的门第被称为公家，各家的当主也按照门第给予相应的官职。
其实自会津之战后，秀保就开始延续秀吉时代的做法，给予谱代和强力外样大名“清华成”即“武家清华家”的家格，等同公家的“清华家”家格，完善武家与公家的对等体系。
且庆长十八年1613年菊亭晴季以清华家家格担任关白开始，秀保就在有意打乱公家内部的等级秩序，进而削弱公家的势力和地位。
幕府成立后，更是通过拉拢、威压、联姻等手段强化与公卿的联系，将公家与幕府捆绑。
特别是“大坂之阵”结束后，秀保更是将武家大名强行提拔入公卿的行列，虽然还停留在较低级的“名家”“半家”，但趋势已经不可避免。
三月中，藤氏长者、右大臣近卫信寻后阳成天皇四子、后花山天皇之侄，近卫信尹养子，大纳言一条兼遐后阳成天皇六子、后花山天皇之侄，一条内基养子，九条家当主九条忠荣等不堪伏见宫及幕府威压，意图拥立后阳成天皇七子、后花山天皇子之侄高松宫好仁亲王为皇太子，并争取了部分公家支持。
但好仁亲王本就只想做个太平王爷，暗中也与满仁、秀赖等交好，加之畏惧伏见宫威势，因此，表面上对于公卿们的拥立表示赞赏，暗地里却密报伏见宫，秀保遂与诸子及重臣商议行动。
四月初六，好仁亲王以商谈要务为由将一干公卿召至高松殿，随即贤仁、清仁亲王率领亲卫赶到，以密谋弑君、擅决废立等罪名进行逮捕。
这些公卿哪曾见过这种阵势，慌忙四散，近卫信寻甚至仓惶躲进内殿，也被贤仁亲王带领兵士进去捉拿有少许尝试反抗者，则被清仁亲王就地格杀，一时间高松殿内刀光剑影、哀嚎遍野。
好仁亲王见此情景，既庆幸又害怕，不用他人言语，他次日便宣布于仁和寺出家，也就是后来的明觉法亲王。
秀保则奏请后花山天皇，特赐法院号，称常德院。同时，责令后阳成天皇另一子政仁亲王于南禅寺出家，是为宪良法亲王。自此，后阳成一脉再无践祚可能。
五日后的六条河原上，近卫信寻、九条忠荣等十八名公家贵胄被斩首，一条兼遐等九十余人被流放各地。这场变故因发生在四月别称“卯月”，被称为“卯月之变”。
至此，公家根基被彻底摧毁，秀保也以摄政的名义对公家进行改革，史称“公家整治”。
在此之前，经过近千年的发展，藤原氏通过联姻、过继等手段，借助“二神约诺神话”，即天孙降临之时，藤原氏祖神天儿屋根命受天照大神之命随迩迩艺尊下国时，天照大神与天儿屋根命定下诺言，以后者为太神宫辅佐第一神之事，近乎垄断了公家。
在六大公家家格中，尤以垄断太政大臣和关白的摄关家和清华家为尊。
摄关家包括近卫、九条、鹰司、二条、一条五家，皆是藤原北家御堂流，其中鹰司是近卫分支，二条、一条是九条分支，因此以近卫、九条为尊。
清华家包括三条、西园寺、德大寺、久我、花山院、大炊御门、今出川七家，其中三条、西园寺、德大寺是藤原北家闲院流，花山院、大炊御门是藤原北家师实流御堂流分支，久我是村上源氏，祖上源师房是藤原师通养子，与藤原北家御堂流关系紧密今出川是西园寺分支，因此排在末位。
所谓二神约诺神话，实际上是十一世纪中期，因由摄关家辅弼皇室之现实而诞生的，藤原氏借助神话的再构建，对自身的通知合法性进行强调。秀保此番改革，重点就是削弱上述两大家格公家的正统性，进而将这个寄生在皇室之上的权门彻底剥离出去。
首先便是例数历代藤原氏对皇权的蔑视和架空，指责其违背祖神之承诺紧接着便以参与此次谋反为由，将朱器台盘藤氏长者的信物、藤氏长者印、渡庄券文摄关家所领之地券等器物和摄关家的正邸东三条殿从近卫家接管过来。
不仅如此，还直接将近卫、九条、二条、一条贬为民籍，但对未参与谋反的鹰司氏网开一面，仍准予保留摄关家格，并且贬为民籍的公家成员中来自鹰司氏的也可以复归，但位次上只能排在末位
随后，令近卫经季复归今出川氏，仍为太政大臣，提拔今出川氏为摄关家格，并由今出川经季接任藤氏长者，位在鹰司氏之前。
同年，出于控制地方的考虑，秀保与菊姬之三子孝仁亲王、与菊亭持子之子晴仁亲王臣籍降下。
前者改回原名丰臣秀孝，封地降至北大和新庄十五万石，晋位中纳言，承袭大和丰臣氏
后者改回原名丰臣秀晴，封地降至和泉岸和田十二万石，晋位权大纳言，并赐予摄关家格，成为秀保一族在公家的代言人。
此外，纪伊丰臣氏、尾张丰臣氏丰臣秀房接受丰臣本姓，但婉拒更改苗字，仍使用其祖父三好苗字也被纳入摄关家。排名来看，依次是纪伊丰臣氏、大和丰臣氏、尾张丰臣氏、今出川菊亭氏、鹰司氏。
至于清华家，出自御堂流的花山院、大炊御门都受到牵连，划入重新设置的名臣家旧大臣家、羽林家、名家、半家打乱后重现设置大臣家和名臣家
久我氏代表的村上源氏，在战国时期曾一度把握源氏长者的称号，对秀保夺取之事多有不满，因秀保代表的河内清和源氏自视正统，便索性将其贬为民籍
三条、西园寺、德大寺三家，经今出川一族求情，除了三条以外，西园寺也得以保留家格但位居末位，德大寺则贬为大臣家。
增补的清华家包括如下五家：
毛利氏，秀保之孙，原为大江朝臣，丰臣朝臣赐下
蒲生氏，秀保亲家，原为藤原朝臣，丰臣朝臣赐下
前田氏，地方强藩，菅原朝臣
结城氏，秀保亲家，原为藤原朝臣，丰臣朝臣赐下
京极氏，秀赖亲家，中宫京极常子之娘家，原为宇多源氏，丰臣朝臣赐下。
其实，皇籍奉还后，秀保便开始将秀吉时期滥赐的丰臣姓和羽柴氏全部收回，仅赐予少数确有血缘或姻亲关系的大名。
因此，将毛利、京极三家纳入清华家并下赐丰臣氏，算是对其地位的重新确认。而给予前田、蒲生、结城三家与力大名清华家格，多是考虑其对幕府颁布的教令比较顺从，特别是对“永宁双令”的执行较为彻底。
经此“公家整治”，伏见宫确立了对公家的主导权，公武合体也进一步加深，可以说，秀保已然站上了权力的顶峰，就连当年“此世即吾世，如月满无缺”的藤原道长也难望其项背，且这一切都是源于自己无可比拟的势力，而非凭借所谓外戚，更是让人无法置喙。