但谁也没有想到的是，声势浩大的黄巾起义，仅仅不到一年便被平息了。
【前奏】
实际上在黄巾大起义之前，朝廷中不少的有识之士就已经对于太平道的意图有所察觉。
太尉杨赐当时正担任司徒，他上书：“张角欺骗百姓，虽受到免除罪责的赦令，仍不思悔改，反而逐渐蔓延扩张。现在，如果命州、郡进行镇压，恐怕会加重局势的混乱，促使其提前叛乱。应该命令刺史、郡守清查流民，将他们分别护送回本郡，以削弱张角党徒的力量，然后再诛杀那些首领。这样，不必劳师动众，就可以平息事态。”
恰在此时，杨赐去职，他的奏章遂留在皇宫，未能实行。马徒掾刘陶再次上书，重提杨赐的这项建议，：“张角等人正在加紧策划阴谋，四方秘密传言：‘张角等偷偷潜入京城洛阳，窥探朝廷的动静。’其在各地的党徒暗地里遥相呼应。州郡官员怕如实呈报会受到朝廷的处分，不愿上奏，只是私下相互间通知，不肯用公文的形式来通报。为此，建议陛下公开颁发诏书，悬重赏捉拿张角等人，以封侯作为奖赏。官员中若有胆怯回避者，与张角等人同罪论处。”
但可惜的是灵帝对这件事很不在意，反而下诏让刘陶整理《春秋条例》。
上面都是如此，更不要郡、县的那些官员了，他们真不了解或者装作不了解张角的真实意图，反而大讲张角教民向善，使得太平道大为百姓所拥戴，有的信徒甚至卖掉自己的家产，都要前往冀州投奔张角。
【意料不到的背叛】
就在汉灵帝毫无感觉，黄巾中人都摩拳擦掌，等待着三月五日的时候，谁也没有想到反而是朝廷先动手了。
而这一切都不过是因为一个人物的背叛，张角举事之前出于慎重考虑派出了自己门下一个亲信弟子唐周去洛阳和马元义联系沟通起义计划。没有想到，唐周居然一去不复返，还向朝廷告发了张角谋反之事，使得所有的一切都大白于天下。
二月十五日前后，朝廷紧急捉拿到了一大方的渠帅马元义，并将其车裂，后来内应中常侍封谞、徐奉也被杀害。更是紧急动员全国力量，捕捉诛杀了众多的太平道信徒，当时冀州也正式宣布捉拿张角等人。
唐周的背叛使得洛阳一带的太平道势力基本被根除，太平道因此也失去了先机，随后不得不仓促的立刻起义。
【顺利的开局】
张角发现事情败露之后，立刻用各种方法通知全国各地的太平道，即刻起义。张角也根据《太平经》中“有天治、有地治、有人治，三气极，然后歧行万物治也”的理论，将他们三兄弟分别称号为“天公将军”、“地公将军”及“人公将军”。因为太平道自认为是土德，土德为黄色，所以太平军都头裹黄巾，人们也称为“黄巾军”，这场起义也在历史上被叫做“黄巾起义”。
在黄巾起义初期，黄巾军在攻克城镇之后，往往烧毁官府，杀尽贪官污吏，将他们的不义之财分给老百姓们，他们不仅攻打官府，那些地方豪强、有钱人家、门阀士族，也均在目标之内。州郡官员面对着黄巾大潮无力抵抗，大多弃职逃跑。
张角在冀州起义之后，一个月之内，全国除冀州之外还有七州二十八郡纷纷响应，而当时整个东汉王朝也就仅有十三个州而已，安平国和甘陵国的人民甚至分别生擒了安平王和甘陵王，来响应黄巾军，京城洛阳都为之震动。很快，以张角三兄弟为首的黄巾主力便席卷了大半个冀州，成为了起义的中心；波才、彭脱则领导东方的黄巾军，控制了颍川、汝南、陈国一线；张曼成则率领南方的黄巾军，杀死了南阳郡守褚贡，占领了宛城，并以此为中心，与官军对抗。
【官府的部署】
黄巾军的迅速发展严重威胁了汉朝的统治阶级，不仅是那些地方豪强、门阀士族、大地主们，就连皇帝也坐不住了。中平元年（184）三月汉灵帝以河南尹何进为大将军，封慎侯，率左右羽林、五营营士屯都亭，修理器械，以镇京师；置函谷、太谷、广成、伊阙、辕、旋门、孟津、平津八关都尉，并在这八个重要关口严防，同时命各州郡准备作战、训练士兵、整武器、召集义军。
起义爆发后，灵帝召集群臣商议对策。北地太守皇甫嵩认为，应该解除禁止党人作官的禁令，并拿出皇帝私人所有的中藏府钱财以及西园骥厩中的良马，赏赐给出征的将士。灵帝询问中常侍吕强的意见，吕强：“对党人的禁令时间已经很长了，人们都在怨恨愤怒，若不予以赦免，他们如果轻举妄动与张角联合起来，叛乱之势便会更趋扩大，到那时后悔就来不及了。现在，请先将陛下左右贪赃枉法的官员处死，大赦所有的党人，并考察各地刺史、郡守的能力。如果这样做，叛乱就不会不平息了。”
灵帝对黄巾军的势力感到害怕，接受了吕强和皇甫嵩的建议。于是大赦天下党人，已经被流放到边疆地区的党人及其家属都可以重返故乡，但唯有张角不在赦免范围之内。
那时在北方，卢植和宗员以北军五校士为主力和张角三兄弟周旋；在东方，皇甫嵩则和朱儁（又称朱隽、朱俊）各领一军，朱儁还上表召募下邳的孙坚为佐军司马，两军共计四万多人，讨伐颖川一带的波才、彭脱；在南方，南阳太守秦颉则和宛城张曼成对峙。
此时黄巾军可以是声势浩大，已经可以与官府抗衡，但与此同时初期被一度打蒙了的朝廷现在也逐渐反应了过来，面对着朝廷的讨伐大军，地方上的各路义军，黄巾军尽管人多势众，但量不敌质，还是在一次次的交锋中逐渐落败了。