在联军攻下长安之后的很长一段时间内，西凉军这些将领们的关系都是居于盟友和队友之间，他们是盟友吧，他们又认为都是自己人，他们是队友吧，他们实质上又是结盟关系。
李傕、郭汜、樊稠、张济等人都认为自己归属于西凉军，但他们也都认为自己的实力和地位不比别人抵，每个人都觉得大家以前都是校尉，一起为董太师报了仇，功劳也差不多，所以我凭什么要听你的，哥有兵有粮有地盘怕你啊！
结果就是董卓、牛辅死去以后，西凉军虽然名义上还是一个整体，但实际已经四分五裂，其中李傕、郭汜、樊稠三人实力最强，所以他们联手控制了长安，掌控了朝廷，张济、段煨等人也都各领军队，控制一方。
可俗话得好，一山难容二虎。以前李傕是西凉军中唯一一位开府的将领，他实力最强可以压的过郭汜和樊稠，再加上朝廷里汉献帝和三公还有一定影响力（因为李郭等人原来的地位太低，没什么人可用，朝廷得以保留了一部分力量，但随着时间变长，朝廷的影响力愈来愈弱），所以一开始矛盾还可以调和。但在郭汜和樊稠也开府以后，三人的差距就没有那么大了，那时候朝廷也已经无法影响西凉的大佬们了，随着三人在军事、政治、经济方面的一系列冲突，矛盾一触即发。
李傕首先开始不满樊稠，不同于跟他长期作战的好哥们郭汜，樊稠是在进军长安的中途才加入西凉联军的，但架不住樊稠的实力强，最终张济都被挤出了长安他都留了下来，虽然地位不如李郭二人，但总体实力还真差不到哪里去。
李傕对樊稠的不满在对马腾和韩遂的战争后进一步上升。樊稠在进攻马腾、韩遂的时侯，李傕的侄儿李利作战不力，樊稠便斥责他：“人家要来砍你叔父的头，你还胆敢如此松懈，难道我就不能斩了你吗！”马腾、韩遂退走凉州时，樊稠率军追击。韩遂派人对樊稠：“天下之事反覆无常难以预料，你我同乡，今天虽有些摩擦，恐怕还会走到一起的，想和你谈一谈。”二人于是并马拉着手臂，笑了很久。
在班师回朝后，李利告诉李傕：“樊稠、韩遂二人马并马肩并肩不知道着什么开怀大笑，关系看起来很亲密的样子。”虽然李傕后来还是同意了给樊稠开府，但他心里没有芥蒂是不可能的。
郭汜和樊稠开府以后，也可以参与选拔举荐官吏。李、郭、樊都要朝廷任用自己推举的人，一旦不随心意，便大加威胁，那些主管的官员们没有办法，最后只能按照李、郭、樊的顺序依次任用官吏，至于三公所推举的人根本就连机会都没有。
李郭等人在长安城乃至于整个关中地区的胡作非为，破坏了这一带的基本秩序，使得了整个长安都乱成一团、盗贼横行，甚至白日抢劫的事情都频频发生。到最后他们没有办法，于是干脆将长安一分为三，三人各守其地，但就算如此仍然没有阻止情况继续恶化，他们的那些亲朋好友、亲信党羽们依然我行我素，横行不法，侵害百姓。
弄到最后长安城内或者整个关中地区都物价飞涨，谷米一斛达到了五十万钱，豆麦二十万，就算当年董卓滥发钱的时候，买一石谷（即一斛）也不过花数万钱，此时才过去五六年而已。堂堂帝国首都，天子所在，结果却是人以人为食，白骨遍地，这下汉献帝也看不下去了，开放太仓救济百姓。
但李傕、郭汜、樊稠因为军队粮食不够，虽然贾诩百般劝阻但他们依然决定侵夺献帝拿来赈灾的钱财，可就算是这样他们的军粮还是不够，于是他们干脆放纵军队向老百姓抢夺，其结果是人为的火上浇油，造成了更严重的饥荒，关中一带的老百姓们不得已纷纷逃离家园。
这个时候樊稠也受不了了，他也受够了当三。兴平二年（195）樊稠决定离开长安，李蒙等人也支持，他们准备率领自己的部队东出函谷关。但樊稠在临走之前，认为他把他在长安的地盘让给了李傕，于是他要求李傕给他增加部队作为补偿。可是李傕既想要樊稠的地盘，也不想给他军队，不仅如此，他还想要樊稠的部队，乃至樊稠的性命。
樊稠作战勇猛而且得到部属拥戴，正面对决的话风险太高，于是李傕便设宴邀请樊稠、李蒙过来参加会议讨论他们准备离开的这些事情，樊稠个人觉得自己都要走了，就没有想到李傕还会有这些歪心思，他大大咧咧地便参加了这个宴会，然后他一去不复返。在会上李傕趁着樊稠喝醉，命自己的外甥骑都尉胡封用杖将其击杀（也有记载是胡封刺死了樊稠），李蒙也被杀死。随后，李傕吞并了樊稠、李蒙的部属。
这一下李傕就太不地道了，大家都是西凉军同僚，一起扛过枪,抽过烟（这个没有）,喝过酒,打过仗的好兄弟。就算你在为董太师报仇的时候是领头人，功劳最大，但樊稠、李蒙的功劳也不啊！樊稠、李蒙只是想离开长安问你要军队，他们又不是准备要你的性命，你不想给他们部队的话就不给呗！怎么可以下黑手呢？这一下李傕实质上就把马蜂窝给捅了，有了李傕、樊稠的先例，西凉军的将领们都开始互相忌惮起来。
在李傕没有杀掉樊稠之前，尽管遇到了很多困难可西凉军至少还保持着一个整体，各个将领们虽然都有着很大的自主权，但他们依然承认李傕的领头羊的地位，在不损害他们自己利益的前提下，李傕仍然可以调动他们，这一就算是郭汜、樊稠也不例外。但在李傕杀死樊稠之后，他实际上是打开了一个潘多拉魔盒，毁掉了西凉军用来仅以维系的那一丝信任，此后西凉军再也没有办法作为一个整体而存在。李傕丧失了作为一个领头羊的权威，西凉军的其他将领再也不听他的调遣，西凉军的将领之间也开始相互不信任起来，最终他们互相残杀，将董卓一手带起来的西凉军推向了毁灭的道路。